Archiv für den Monat: September 2009

Die Macht

Jaja, diese nächtlichen ICQ-Gespräche …

Da liest man auf Google News über Harald Schmidt, der Brausepulver aus dem Bauchnabel von Monica Ivancan schlabbert und landet per Referenz bei Youtube, wo es die entsprechende Szene aus „Die Blechtrommel“ gibt. Ein weiterer Clip aus dem Film ist hinterlegt mit einem Track von Mouse on Mars und ehe man sich versieht hört man abstrakte elektronischer Musik von Apex Twin.

Man teilt seinen Fund über ICQ und eine halbe Stunde später schickt man sich schon gegenseitig Youtube-Videos aus der „guten alten Elektrozeit“, als das Y2K-Problem noch aktuell war. 😉 Dann hat Ersin das Fluoreszenz-Bild hier im Blog entdeckt und Mitochondrien ins Spiel gebracht. Der Begriff kam mir bekannt vor …

Waren das nicht diese mikroskopisch kleinen Lebewesen, die in jedem von uns wohnen und die die Macht im Gleichgewicht halten? Nein, das sind natürlich die Midi-Chloreaner, womit wohl auch eindeutig bewiesen ist, dass ich ein hoffnungsloser Fall bin. 😉

Endlich ist mir klar, woran Andrea derzeit arbeitet und warum ich die Bezeichnungen der Proteine in den Dateinamen zensieren musste. Nicht aus Rücksichtnahme vor unveröffentlichten Forschungsergebnissen, sondern weil dort im Labor die Essenz der Macht selbst entsteht.

Egal wie Andrea sich da noch herauszureden versucht:
Ich erwarte Ende Oktober die Macht selbst als Mitbringsel! Bald werde ich ein Jedi sein! Oder Sith? Egal, … die … Versuchung … zu … stark … sie … ist

Tool: Fluoreszenz-Mikroskopie

Andrea hat mir vor zwei Tagen über ICQ drei Aufnahmen einer gefärbten Zelle geschickt, die sie mit einem Fluoreszenz-Mikroskop aufgezeichnet hatte. Alles Aufnahmen der selben Probe bei UV-Licht, bei unterschiedlichen Filtern, wenn ich es richtig verstanden habe. Während sie mir noch erklärte, was ich genau man auf den unterschiedlichen Bildern erkennen konnte, bastelte ich die Bilder schnell als eingefärbte Ebenen in GIMP zusammen.

Auf dem Ergebnis aufbauend, hab ich Quick & Dirty ein PHP-Script geschrieben, das diese Aufgabe automatisiert über das Modul php_imagick erledigt – eine Wrapper-Klasse für die bekannte ImageMagick Kommandozeilen-Suite und wohl eines der am schlechteste dokumentierten Module ever. 😉 Einige kurze Beispiele gibt es bei Mikko und im extrem rudimentären Manual. Den Rest muss man sich aus der normalen Doku für die Kommandozeile suchen.

Da die einzelnen Fluoreszenz-Farbstoffe ganz markante Maxima bei einem oder wenigen Wellenlängen haben, wollte ich die Ebenen auch mit der entsprechenden Farbe einfärben. Die Zuordnung Wellenlänge zu RGB Farbe ist allerdings alles andere als trivial. Dabei spielt die Farbwahrnehmung des menschlichen Augen ein große Rolle und schon nach ein paar gelesenen Seiten auf Wikipedia steht man knietief in Farbprofilen und ähnlichem. Das war mir dann doch etwas zu krass.
Dafür habe ich auf der Homepage von Dan Bruton einen Quelltext (in Fortan) gefunden, in dem er über eine einfache Approximation (Geraden) dem sichtbaren Spektrum RGB Farben zugeordnet hat. Das Modell habe ich 1:1 in eine PHP-Funktion übertragen (hoffentlich fehlerfrei) und zur Umrechnung benutzt.

Die Verarbeitungskette habe ich so aufgebaut:

  1. Die Aufnahmen (Graustufe) als Maske mit einem entsprechend einfarbig gefüllten Bild mit Imagick::COMPOSITE_MULTIPLY verbinden.
  2. Die Ergebnisse mit Imagick::COMPOSITE_PLUS vor einem schwarzen Hintergrund zusammenfügen.

Meinen ersten Ansatz, die Aufnahmen als Alphachannel zu benutzen, konnte ich mit der spärlichen Doku bisher nicht umsetzen. Das Ergebnis ist so aber auch recht ansehnlich. Vorschläge zur Optimierung sind sehr willkommen. =)

So entsteht aus drei Aufnahmen folgendes Ergebnis:

Ebene 1Ebene 2Ebene 3

Ergebnis

Hübsch oder? ^^ Die blauen Flecken im Zellkern sind übrigens ein Indiz dafür, dass Irgendwas™ geklappt hat. Die Veränderung eines Proteins, wenn ich mich recht erinnere.
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Paintball

Auf der Rückfahrt war es noch gewöhnliche Müdigkeit, in der Wohnung ein sehr unangenehmer Muskelkater und heute musste ich mich mit viel Überwindung zum Wahllokal schleppen. Ich merke wirklich in jedem Körperteil, dass ich gestern 3,5h auf Knien und in der Hocke über den Platz gerannt bin.

Paintballtreffer

Niko war so nett mich gestern morgen abzuholen. Um 10:00 waren wir auf dem Gelände des FSC Mechernich e.V. und trafen den Rest der Gruppe – immerhin 20 Personen mit 20% Frauenquote. Alte Klamotten sind sehr zu empfehlen, wenngleich man die Schmiere wohl problemlos auswaschen können soll – zumindest hoffe ich das, denn meinen „Maler“-Pulli hatte ich leider zu Hause vergessen. Nach der Einweisung in die Sicherheitsregeln und die Handhabung, wurde für jeden Gesichtsmaske (für Augen, Nase, Mund und Ohren), ein Halsschutz, eine Oberkörperpolsterung, Handschuhe und der Marker ausgeteilt.

Mit einem Schiedsrichter gingen wir auf den hinteren Platz und verteilten uns nach Masken-Farbe auf die beiden Startpositionen.
3-2-1-Go und das erste Spiel begann:
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Projekt: Homeserver von CompactFlash

Die Hardware lag schon einige Zeit bei mir herum:

  • Jumtec CoolMonster CMP/P166L
    Ein Industrie-Board mit PISA-Schnittstelle (ISA+PCI vereint), auf dem ein low-power Pentium 1 MMX mit 166 MHz arbeitet. Typische Leistungsaufnahme <10W dank embedded CPU.
  • 128MB SDRAM
  • PISA Backplane mit einigen PCI und ISA Steckplätzen
    Spannungsversorgung über die alten AT-Stecker oder über Schraubklemmen.
  • PCI-Netzwerkkarte mit Realtek 8139 Chipsatz
  • Dual-CompactFlash Adapter mit einer 8GB CF-Karte
  • Netzteil mit 12V und 5V
    Inzwischen in einem alten ATX-Netzteil verbaut, damit es ausreichend belüftet und geschützt in ein normales Gehäuse passt. Zudem liegt der Eingang auf einer Kaltgeräte-Buchse und lässt sich mit einem Schalter unterbrechen.
  • 19 Zoll Gehäuse mit 4 HE

Ausgabe von lspci:

00:00.0 Host bridge: ALi Corporation M1541 (rev 04)
00:01.0 PCI bridge: ALi Corporation M1541 PCI to AGP Controller (rev 04)
00:07.0 ISA bridge: ALi Corporation M1533/M1535/M1543 PCI to ISA Bridge [Aladdin IV/V/V+] (rev c3)
00:09.0 Ethernet controller: Realtek Semiconductor Co., Ltd. RTL-8139/8139C/8139C+ (rev 10)
00:10.0 IDE interface: ALi Corporation M5229 IDE (rev c1)
00:14.0 USB Controller: ALi Corporation USB 1.1 Controller (rev 03)
01:02.0 VGA compatible controller: Chips and Technologies F69000 HiQVideo (rev 64)

Die Installation des Basis-Systems nahm ich in einem zweiten Rechner vor, da ich ohne neue Kabel zu verlegen, neben dem Board nur noch den CF-Adapter versorgen konnte. Leider unterstützt das „Monster“ weder das Booten von USB, noch von einer präparierten zweiten CF, die das Dateisystem einer Install-CD (syslinux) enthält. Also baute ich den Adapter zunächst in einen Rechner mit optischem Laufwerk ein.
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Requiem

Mit großem Bedauern muss ich an diesem frühen Donnerstag verkünden, dass sich vor etwa 2 Stunden unser geliebter Farbfernseher aus der (sehr) großen Gemeinschaft der Elektrogeräte dieses Haushaltes verabschiedet hat. Der Schluss von Manderlay – ein Drama des dänischen Regisseurs Lars von Trier – hat offensichtlich eine Frage zu viel unbeantwortet gelassen. Als unser stark übergewichtige Freund hochfrequent an der inneren Zerrissenheit zerbrach, fiel die zweite Sicherung von Links solidarisch mit in Ohnmacht (bzw. Position 0) und musste mehrfach wiederbelebt werden. Dies kam nicht vollkommen unerwartet – schon geraume Zeit beschwerte er sich über gelegentlichen Verlust des Farbsinnes und längere Phasen der Desorientierung gleich nach dem Aufstehen. Ein Schock war es trotz allem.

Damit verliert nicht nur der eingebaut Videorecorder einen oft erdrückenden wenngleich ans Herz gewachsenen Mitbewohner und der DVB-T Receiver einen engen Verbündeten – auch Andrea und ich haben mit Ihm gelacht und geweint. Manchmal konnten wir uns auf eine Emotion einigen – in Zeiten von Castingshows und „der Name hört sich ja schon nach nem Actionfilm an“ auch gelegentlich nicht.

Seit Dr. House, der uns wiederholt von TV (wie wir ihn beim Spitznamen riefen) vorgestellt wurde, weiß ich zwar um das Wunder der spontanen und unerwarteten Genesung (und der Nebenwirkungen von Vicodin) – diesem Verlust haftet aber leider ein nicht unerheblicher Geruch von Ozon bzw. Endgültigkeit an.

Ich würde an dieser Stelle ja am liebsten „Scheiße! Verdammt nochmal! Das 100kg schwere (und 100W verbrauchende) Teil muss jetzt entsorgt und auf mittlere Sicht Ersatz besorgt werden. Mist! §$%&/„.

Da sich aber so etwas nicht gehört, schließe ich nur mit einem „Och nö!„.