Jaja, diese nächtlichen ICQ-Gespräche …

Da liest man auf Google News über Harald Schmidt, der Brausepulver aus dem Bauchnabel von Monica Ivancan schlabbert und landet per Referenz bei Youtube, wo es die entsprechende Szene aus “Die Blechtrommel” gibt. Ein weiterer Clip aus dem Film ist hinterlegt mit einem Track von Mouse on Mars und ehe man sich versieht hört man abstrakte elektronischer Musik von Apex Twin.

Man teilt seinen Fund über ICQ und eine halbe Stunde später schickt man sich schon gegenseitig Youtube-Videos aus der “guten alten Elektrozeit”, als das Y2K-Problem noch aktuell war. Dann hat Ersin das Fluoreszenz-Bild hier im Blog entdeckt und Mitochondrien ins Spiel gebracht. Der Begriff kam mir bekannt vor …

Waren das nicht diese mikroskopisch kleinen Lebewesen, die in jedem von uns wohnen und die die Macht im Gleichgewicht halten? Nein, das sind natürlich die Midi-Chloreaner, womit wohl auch eindeutig bewiesen ist, dass ich ein hoffnungsloser Fall bin.

Endlich ist mir klar, woran Andrea derzeit arbeitet und warum ich die Bezeichnungen der Proteine in den Dateinamen zensieren musste. Nicht aus Rücksichtnahme vor unveröffentlichten Forschungsergebnissen, sondern weil dort im Labor die Essenz der Macht selbst entsteht.

Egal wie Andrea sich da noch herauszureden versucht:
Ich erwarte Ende Oktober die Macht selbst als Mitbringsel! Bald werde ich ein Jedi sein! Oder Sith? Egal, … die … Versuchung … zu … stark … sie … ist

A tribute to Day of the tentacle and Anakin’s Shadow.

Andrea hat mir vor zwei Tagen über ICQ drei Aufnahmen einer gefärbten Zelle geschickt, die sie mit einem Fluoreszenz-Mikroskop aufgezeichnet hatte. Alles Aufnahmen der selben Probe bei UV-Licht, bei unterschiedlichen Filtern, wenn ich es richtig verstanden habe. Während sie mir noch erklärte, was ich genau man auf den unterschiedlichen Bildern erkennen konnte, bastelte ich die Bilder schnell als eingefärbte Ebenen in GIMP zusammen.

Auf dem Ergebnis aufbauend, hab ich Quick & Dirty ein PHP-Script geschrieben, das diese Aufgabe automatisiert über das Modul php_imagick erledigt – eine Wrapper-Klasse für die bekannte ImageMagick Kommandozeilen-Suite und wohl eines der am schlechteste dokumentierten Module ever. Einige kurze Beispiele gibt es bei Mikko und im extrem rudimentären Manual. Den Rest muss man sich aus der normalen Doku für die Kommandozeile suchen.

Da die einzelnen Fluoreszenz-Farbstoffe ganz markante Maxima bei einem oder wenigen Wellenlängen haben, wollte ich die Ebenen auch mit der entsprechenden Farbe einfärben. Die Zuordnung Wellenlänge zu RGB Farbe ist allerdings alles andere als trivial. Dabei spielt die Farbwahrnehmung des menschlichen Augen ein große Rolle und schon nach ein paar gelesenen Seiten auf Wikipedia steht man knietief in Farbprofilen und ähnlichem. Das war mir dann doch etwas zu krass.
Dafür habe ich auf der Homepage von Dan Bruton einen Quelltext (in Fortan) gefunden, in dem er über eine einfache Approximation (Geraden) dem sichtbaren Spektrum RGB Farben zugeordnet hat. Das Modell habe ich 1:1 in eine PHP-Funktion übertragen (hoffentlich fehlerfrei) und zur Umrechnung benutzt.

Die Verarbeitungskette habe ich so aufgebaut:

1. Die Aufnahmen (Graustufe) als Maske mit einem entsprechend einfarbig gefüllten Bild mit Imagick::COMPOSITE_MULTIPLY verbinden.
2. Die Ergebnisse mit Imagick::COMPOSITE_PLUS vor einem schwarzen Hintergrund zusammenfügen.

Meinen ersten Ansatz, die Aufnahmen als Alphachannel zu benutzen, konnte ich mit der spärlichen Doku bisher nicht umsetzen. Das Ergebnis ist so aber auch recht ansehnlich. Vorschläge zur Optimierung sind sehr willkommen. =)

So entsteht aus drei Aufnahmen folgendes Ergebnis:

Hübsch oder? ^^ Die blauen Flecken im Zellkern sind übrigens ein Indiz dafür, dass Irgendwas™ geklappt hat. Die Veränderung eines Proteins, wenn ich mich recht erinnere.
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Hat die ARD da eben um 10 vor 6 etwa doch schon eine erste Prognose geben? Zumindest hat sie mit direktem Bezug auf Twitter gesagt, dass die Prognose nichts mit den dort kursierenden Gerüchten gemein hat. Information durch Negation. http://twitter.com/#search?q=prognose

Ich bin schon gespannt.

Nachtrag: 2% Piraten – guck mal einer schau.

Nachgereicht:

Infantil, aber dennoch ein unverzichtbares Foto, wenn man durch einen finnischen Supermarkt geht.

PS: Pussi = Tüte